Начиная с 2001 года, команда надолго осела во втором дивизионе. Команда всегда ставила перед собой задачу выйти в высшую лигу, однако в 2006 ситуация сильно изменилась — команда и вовсе вылетела в третий дивизион. С тех времён в клубе уже и не было мыслей по поводу возвращения в элиту белорусского футбола. Впрочем, в 2007 году команда сходу вернулась в первую лигу, заняв в третьем дивизионе проходное второе место. Однако в 2010 в команде произошёл серьёзный провал — команда вновь покинула первую лигу, завершив чемпионат на последнем месте в первой лиге. В следующем сезоне, команда уверенно прошла дистанцию во второй лиге и легко выиграла чемпионат. Главной ударной силой в том сезоне стал Дмитрий Денисюк, наколотивший в 30 матчах 30 голов. Это лучший в истории клуба бомбардирский показатель за сезон. Вначале сезона 2012, клуб пробился в ¼ финала кубка Беларуси, где уступил новополоцкому Нафтану. Тем самым, это достижение в кубке пока остаётся лучшим в истории (подобное достижение было лишь в 2000 году). В чемпионате в том сезоне удалось закрепиться в первой лиге, заняв 11 место.
В 2012 году «Лиде» не удалось пройти барьер 1/4 финала в лице будущего победителя турнира - новополоцкого «Нафтана».
